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水俣村是个不大的小渔村。人们以渔业为生。这里女多男少，但是，四十岁以上的女人，大多是些货真价实的寡妇。
东方鱼肚泛白时，阿崎婆就跪在门口祭拜海神。祭完海神后，阿崎婆就要出海了。凭阿崎婆几十年的海边经验，这个时候该是扁头鱼的产卵高峰，最容易捕获扁头鱼。阿崎婆不想放过这样的好机会，她得早早出海，风里漂泊，浪里收网，然后将鱼卖给进村的鱼贩，换了钱，为她的真由子添上一件上好的衣裳。真由子去年被一个鱼贩相上了。这是一件值得高兴的事。阿崎婆现在惟一的心愿，就是早早将船划进海域。如果男人滕木太郎不去中国的话，他现在应该正和自己划着这艘小船，去鱼的栖息地，为他们的真由子的婚事忙碌着。但是她的滕木太郎一去就是六年。直到有一天，北海道过来一个人，找了她，说滕木太郎回不来了，他倒在中国战场上，尸首全无。阿崎婆搂着年仅五岁的真由子，怔怔地望着那个人，眼里无泪，嘴里无语，像是她早就知道会有这么一天。可是，这一天终于来了。
阿崎婆现在什么都不想。这么多年都熬过来了，想那个与她共枕不到三个月的滕木太郎又有什么用呢？阿崎婆现在不到四十岁，腰身弯曲，皮肤粗糙得与旱地上的水蛙，阿崎婆现在最在乎的是她女儿真由子。
水俣村自从山田优子死了以后，全村人终日都变得恍恍惚惚。现在谈起山田优子来，人们仍就心有余悸。好端端的一个女孩，一天生出一个模样来：先是眼眶凹陷，然后眼珠慢慢爬出来，手脚一天天地枯萎，慢慢变成一个小矮人，最后全身痉挛，一不小心就死掉了。从此，水俣村像是闹了水邪。每天，家家户户所做的第一件事，就是：面对海的方向，祭拜海神。
阿崎婆还没来得及撒网，村口方向漂来一只小船，对着阿崎婆呼喊。阿崎婆回到家，真由子已经变了样：眼眶凹陷，四肢乏力……
这是山田优子的魂魄在真由子身上显灵了！
水俣村立刻变得诡秘莫测。人们在惊恐中，面对大海，面对那个一直不肯显山露水的死神。
这天，水俣村进来一位高鼻子、蓝眼睛的美国男人，他叫尤金·史密斯。尤金·史密斯在一位日本女孩的带领下，住进了水俣村。这让水俣村人感到了一丝生存安慰。尤金·史密斯终日飘泊在海上，他虽不是医生，但他几乎找遍了水俣村所有遭到水邪袭击过的人。
终于，不安分的尤金·史密斯找到了水邪的居住地——奇索化工厂。这是二战结束后日本经济从废墟走上复苏的一个支点。奇索化工厂向海里排放的滚滚污水中，含有大量的水银毒素，使得下游的水俣村越来越多的人被这水邪吞食着生命。尤金·史密斯的好事，召来了一帮经济复兴分子，他们将尤金·史密斯打得鼻青眼肿。
九死不悔、永不妥协的尤金·史密斯，在离开水俣村时，蓝眼睛也凹陷下去，他用凸翻出来的眼睛，为世人拍摄了水俣村一幕幕震憾人心的真实镜头。
1976年，尤金·史密斯把自己在水俣村所拍摄的175幅照片出版成一本名叫《水俣》的画册，发行量达到3万册。
《水俣》不仅轰动了日本，更轰动了全世界。
《水俣》再一次掀起了日本民众对日本政府的仇视与不满：民族的嚣张不仅残害了异国人民，也残害了一代日本贫民，包括他们的子孙。
《水俣》让上个世纪70年代的日本政府伤透了脑筋。