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第二天，阿蒙霍泰卜四世当着文武百官发布命令：“由于阿吞神的感召和阿蒙神庙祭司拒不服从我的命令，自本日起关闭全国各地非阿吞神的神庙，将僧侣赶出庙门回家，还俗为民。一切公共建筑物和纪念物上的阿蒙的名字必须彻底清除。在全国各个城市必须建起至少一座阿吞神庙，各级地方官员要带头向我的父亲阿吞神献祭、宣誓、永远忠于英明、伟大的造物主阿吞。”
接着，阿蒙霍泰卜四世又宣布：“已没收的其他神庙的土地划为阿吞神庙，禁止僧侣参政。首都迁往底比斯以北300公里的希尔摩，取名‘埃赫塔吞’，意为‘阿吞的地界’。阿伊负责营建新都，霍伦海布负责取缔一切非阿吞崇拜。各级官员必须听从调遣，消极怠工或拒不服从者必严加惩处。文武百官听罢，个个目瞪口呆。”
阿蒙霍泰卜四世视若无睹，挥手道：“此令已出，理解要执行，不理解亦要执行。”随后离开御座，转身退朝。
当天下午，大批军队分头查抄了底比斯的各大阿蒙神庙，强行将僧侣们赶出庙门。死活不愿走的被士兵生拉硬拖至门外。许多僧侣背着行李卷离开多年生活的庙宇时热泪盈眶，内心里痛骂阿蒙霍泰卜四世。阿吞庙的僧侣则轻松愉快，接管了阿蒙神庙的大批田产、奴隶和其它财产。
老法老阿蒙霍泰卜三世听说儿子如此鲁莽行事，又气又急，很快去世。
BC1379年，阿蒙霍泰卜四世在位第六年，动员几十万劳工建设的新都埃赫塔吞（开罗以南400公里）落成，包括宏伟的王宫、高官显贵的住宅、可与底比斯阿蒙神庙媲美的阿吞神庙、部队营房。阿蒙霍泰卜四世由祭司选出良辰吉日，率领满朝文武官员，并带各自家眷奴仆，以及保卫京师的卫戍部队，浩浩荡荡迁往新都。
在同一年他正式把自己名字中的阿蒙改为阿吞，改全名为埃赫阿吞，作为他崇拜阿吞神的证明。
埃赫阿吞的原名是阿蒙霍泰卜，意为“阿蒙的仆人”。阿蒙是底比斯主神，在太阳神拉之后，成为整个埃及的主神，希腊语文献中将他的这个名字写为更符合希腊人命名习惯的“阿蒙诺菲斯”（Αμ?νοφι?）。在很长一段时间里，西方考古学界都使用阿蒙诺菲斯这个名字。
埃赫阿吞的王衔（树蜂式王衔）是“奈费尔-赫普鲁-拉”（Nefer-kheperu-Rê），字面意思为“美丽的太阳神拉”。后来这个王衔又附加了一个部分：“瓦恩拉”（Wa-en-Ra），字面意思为“唯一的太阳神拉”。在著名的古埃及文献阿马尔奈文书中，出现了王衔的一个变体：Naphu-rureya。
在埃赫阿吞进行宗教改革之后，为了表示与阿蒙信仰的决裂和对阿吞信仰的支持，他改变了自己的名字，前面那些名字都表示了对拉神和阿蒙神的信仰。新的名字明显表示出阿吞崇拜的意思：“埃赫阿吞”（Akhenaten），字面意思为“阿吞的仆人”或“光芒万丈的阿吞神”。
埃赫阿吞在宗教改革之后没有抛弃原来的王衔，但在它后面附加了一个部分：迈瑞阿吞（Mery-Aten），意为“受人爱戴的阿吞神”。
埃赫阿吞的赛特式王衔为Wernesytemakhetaten（意为“伟大的埃赫阿吞”）。
埃赫阿吞的荷鲁斯式王衔为Wetjesrenenaten（意为“歌颂阿吞神”）。
埃赫阿吞为阿吞神在埃及各地建造了许多宏大的神庙，包括一座位于卡纳克的神庙，那里原本主要祭祀阿蒙。
埃赫阿吞迁入新宫后便无心朝政，整天陶醉在宗教生活和宫廷生活中，政事由阿伊掌管，军事托付给霍伦海布。两人对埃赫阿吞很是忠心。埃赫阿吞本人则疏于朝政，对下放松监督，于是统治日益松弛，国家机器像一驾陈旧的马车，虽能运行，但到处吱嘎乱响，运转不畅。
由于埃赫阿吞对宗教事务的过度关注，埃及在国外的影响力下降，甚至是出现了明显的国力衰退。法老对宗教改革以外的政治活动的漠视无疑引起了由图特摩斯三世建立起来的埃及帝国发生了大麻烦。
在亚洲的总督和附庸国的国王们向法老写信，他们抱怨经常被无故斥责或欺骗。在其在位早期，阿蒙霍特普四世与亚洲主要国家米坦尼的国王图什拉塔发生严重矛盾。
因此与曾经的敌人赫梯人结盟，而这些可怕的赫梯战士在他们的伟大领袖苏庇路里乌玛一世领导下，正在进攻米坦尼以图建立自己的霸权。
米坦尼国王图什拉塔写信给埃赫阿吞，回忆两国的世代友谊和姻亲关系，希望得到埃及的援助。但埃赫阿吞无情地拒绝了这一要求。这明显是错误的外交路线。
许多臣服于埃及的亚洲小王公也受到了赫梯人的威胁，他们只能向远在非洲的法老本人求援，而埃赫阿吞一概置之不理。
总之，在他统治期间埃及对亚洲的控制受到了削弱；很多学者认为一个全盛的埃及帝国的时代正是在这时结束了。
底比斯的僧侣仍然明里暗里结集，举行向阿蒙神的献祭活动。起初，各个城市的长官还严办违令者，但久禁不止之后也就索性睁一眼闭一眼，更关心的是中饱私囊了。老百姓受租税和服劳役的双重压迫，牢骚满腹。
新王国充满了危机，但埃赫阿吞却脱离现实，继续生活在他自己的理想境界当中。他自认为是阿吞神同人间联系的唯一使者，夫妇两人每日上午带着子女去神庙祷告、献祭，下午便呆在宫内玩乐。
埃赫阿吞酷爱颂歌和雕刻艺术，阿伊为首的一帮文人投其所好，创造出一首首吹捧阿吞和法老的诗，什么：“由于您的英明，到处都是一片祥和；”什么“您像阿吞一样圣明，人们只要遵照您的教导，就会过上幸福的生活。”每当他听到这些颂词时，便十分的高兴。